#COVID19 – ReClone: red internacional para la producción local de insumos de diagnóstico COVID19

ReClone: red internacional para la producción local de insumos de diagnóstico COVID19, como programa de emergencia en caso de falta de suministros.

La pandemia del virus SARS-CoV-2 ha revelado deficiencias a nivel mundial para responder de manera efectiva y descentralizada a la demanda de testeo masivo. La falta de suministros de diagnostico a nivel mundial no solo afecta nuestra respuesta a COVID-19 sino que también evidencia problemas de soberanía y autonomía tecnológica en la respuesta a enfermedades infecciosas de gran escala.

Las enzimas claves en las reacciones de diagnostico tales como RT-PCR y RT-LAMP, se producen a partir de ADN (generalmente en bacterias, levaduras o in vitro) y se comercializan en forma de proteínas listas para uso. Obtener el ADN que permite crear estas enzimas es difícil debido a restricciones históricas de propiedad intelectual que han limitado la accesibilidad y transferencia de estos materiales entre investigadorxs.  Sin embargo, hay dos sucesos que están marcando una transición en el acceso a estos materiales:

i) las patentes de muchas de estas enzimas están culminando su periodo de protección, quedando en el dominio público como off-patent, Esto permite el libre estudio, producción, modificación, redistribución y uso comercial no-exclusivo de estos ADNs (y sus enzimas). A pesar de estas libertades, el ADN de estas enzimas es aún difícil de obtener y redistribuir debido a restricciones impuestas por los tratados de transferencia de materiales que usan las universidades (e.g. UBMTA), y esto nos lleva al punto ii.

ii) las tecnologías de síntesis de ADN permiten crear nuevos fragmentos genéticos a partir de secuencias de interés tales como el gen de una enzima cuya secuencia es conocida pero el material es inaccesible. Este material no responde a ninguna restricción impuesta por un MTA dado que fue creado de cero, ofreciendo la oportunidad de ser  redistribuido bajo un acuerdo de transferencia de material abierto (openMTA). Esto permite que cualquier persona o institución pueda tener acceso a este ADN, sin restricciones (más que aquellas asociadas a obligaciones de uso correcto en términos de bioseguridad y bioética). **

Tomando en cuenta estos puntos, junto a colaboradorxs de Open Bioeconomy Lab, FreeGenes, Open Science Network Society y Ginkgo Bioworks hemos diseñado material genético (ADN) a partir del cual se pueden producir enzimas off-patent para los diagnósticos de COVID (PCR, RT-PCR, LAMP, y otros). Se ha creado una red de colaboración internacional y abierta llamada ReClone que busca distribuir este ADN a instituciones que deseen implementar la producción local de estas enzimas de diagnóstico y ayuden a mejorar protocolos de producción de manera colaborativa y remota. Esta red distribuida de producción también intenta recoger información respecto a las regulaciones de certificación que aplican a cada país. Aclaración: no estamos desarrollando nuevos kits, solo permitiendo el acceso a los ADNs a partir del cual se puedan producir enzimas utilizadas para la implementación de tests ya existentes.

Esta colección de ADN incluye vectores listos para expresión y purificación, como también una batería de componentes (e.g. tags, CDS, prom, etc) para armar diferentes combinaciones en respuesta a necesidades locales. El siguiente paso para quienes nos encontramos en Chile es la creación de un Foundry o repositorio nacional de libre acceso. Este repositorio será hosteado en nuestro Instituto Milenio iBio para poder recibir y redistribuir estos reactivos bajo openMTA, de manera no exclusiva. Para solicitar estos reactivos o sumarse a la red, por favor ingresar al foro (link abajo)

Paralelamente, esta iniciativa plantea la necesidad de incluir – como alternativa no excluyente ni obligatoria – el uso de mecanismos legales para fortalecer el dominio público y facilitar la transferencia de materiales (e.g. openMTA). Nuestro Instituto ha sido unas de las primeras instituciones en firmar el acuerdo openMTA, y un actor activo en la promoción de las tecnologías libres (Free/Libre & Open Source).

Links de interés:

>>Lista de reactivos<<

>>Pagina web ReClone<<

>>Foro online sobre reactivos y grupos en Latinoamerica<<

>>OpenMTA (acuerdo legal de transferencia abierta de materiales<<

>>Repositorio de protocolos (en construcción @15Mayo2020)<<

La lista incluye:

RT-PCR

  • HIV reverse transcriptase
  • OpenVent (DeepVent) DNA polymerase
  • OpenScript (SuperScriptII) reverse transcriptase

RT-LAMP

  • Bst-LF

RPA

  • gp32 (ssDNA binding protein)
  • Bsu (strand displacing polymerase)
  • UvsY (T4 cofactor)
  • UvsX (RCA-like recombination protein)

RNA-related

  • Murine RNA inhibitor
  • RNaseH from Tth
  • RNaseH from Escherichia coli

Protein Expression

  • T7 RNA polymerase
  • TEV protease

Other useful enzymes

  • PBCV-1 ligase
  • Horse radish peroxidase

 

(**) no soy abogado, solo doy una opinion personal. No usar este texto como consejo legal ni en una corte 🙂

The following terms of the OpenMTA also apply:

No Implied License: Except for the rights expressly granted herein, the Recipient agrees that no other rights or licenses, whether express or implied, are granted to the Recipient under any patent, patent application, or other proprietary right of the Provider. As between the parties, each retains all right, title, and interest in works and inventions made by its personnel, and nothing herein shall be construed to transfer ownership of any invention, patent, patent application, or other proprietary right.

Liability: Except to the extent prohibited by law, the Recipient assumes all liability for damages that may arise from the use, storage or disposal of the Material. The Provider will not be liable to the Recipient for any loss, claim or demand made by the Recipient, or made against the Recipient by any other party, due to or arising from the use of the Material by the Recipient, except to the extent permitted by law when caused by the gross negligence or willful misconduct of the Provider.

No Warranties: Any Material delivered pursuant to the Agreement is understood to be experimental in nature and may have hazardous properties. THE PROVIDER MAKES NO REPRESENTATIONS AND EXTENDS NO WARRANTIES OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED. THERE ARE NO EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, OR THAT THE USE OF THE MATERIAL WILL NOT INFRINGE ANY PATENT, COPYRIGHT, TRADEMARK, OR OTHER PROPRIETARY RIGHTS.

 

 


 

ReClone is an international network from across the world seeking to support each other in accessing reagents for research and diagnostics, through sharing and partnership. Our current focus is addressing the needs of scientists researching and diagnosing COVID-19.

A list of ready-to-use vectors and a list of individual components (TBC) will be shared openly (>>list of reagents<<)

Please follow the following links for general information about ReClone (https://reclone.org/), forum (https://forum.reclone.org/) and CC BY open access protocols (Protocols.io).

The toolkit is a combined effort of the Open Bioeconomy Lab at University of Cambridge (Jenny Molloy, Chiara Gandini), the Free Genes Project (Drew Endy, Keoni Gandall, Isaac Larkin), Open Science Network Society (Scott Pownall) and our lab. We are also grateful for the support of Ginkgo Bioworks.

Summary

The Research in Diagnostics Toolkit is a set of ready-to express vectors and (optionally) DNA parts for the most common molecular diagnostic techniques.

Expression plasmids that are IPTG/Lactose inducible with a 6xHis-Tag for:

RT-PCR

  • HIV reverse transcriptase
  • OpenVent (DeepVent) DNA polymerase
  • OpenScript (SuperScriptII) reverse transcriptase

RT-LAMP

  • Bst-LF

RPA

  • gp32 (ssDNA binding protein)
  • Bsu (strand displacing polymerase)
  • UvsY (T4 cofactor)
  • UvsX (RCA-like recombination protein)

RNA-related

  • Murine RNA inhibitor
  • RNaseH from Tth
  • RNaseH from Escherichia coli

Protein Expression

  • T7 RNA polymerase
  • TEV protease

Other useful enzymes

  • PBCV-1 ligase
  • Horse radish peroxidase

See the full kit here with information on other DNA parts >>

Expression/Production Information (if applicable)

We do not have fully validated expression protocols but there are a lot out there in the literature which you can see summarised on the Enzyme Expression Guides page at Open Bioeconomy Lab.

Protocol Information

The reagents can be used in most protocols for PCR, RT-(q)PCR, RT-LAMP, RPA, RCA and a variety of other molecular research techniques.

How to get the plasmid/material/reagent

Note that the collection is not yet synthesised but you can sign up for delivery here
If you have any queries, contact mail+reagents at mail.reclone.org

Terms

All materials will be distributed under an OpenMTA meaning they can be used for commercial purposes and be redistributed. In advance of receiving the materials, you should ask your institution to sign the OpenMTA Master Agreement.

References

See the full kit here with references for origin of the DNA parts >>

Disclaimer

Reagents you have produced using this kit are intended for research use only. In order to use them for clinical diagnostics you must follow all local regulatory processes.

The following terms of the OpenMTA also apply:

No Implied License: Except for the rights expressly granted herein, the Recipient agrees that no other rights or licenses, whether express or implied, are granted to the Recipient under any patent, patent application, or other proprietary right of the Provider. As between the parties, each retains all right, title, and interest in works and inventions made by its personnel, and nothing herein shall be construed to transfer ownership of any invention, patent, patent application, or other proprietary right.

Liability: Except to the extent prohibited by law, the Recipient assumes all liability for damages that may arise from the use, storage or disposal of the Material. The Provider will not be liable to the Recipient for any loss, claim or demand made by the Recipient, or made against the Recipient by any other party, due to or arising from the use of the Material by the Recipient, except to the extent permitted by law when caused by the gross negligence or willful misconduct of the Provider.

No Warranties: Any Material delivered pursuant to the Agreement is understood to be experimental in nature and may have hazardous properties. THE PROVIDER MAKES NO REPRESENTATIONS AND EXTENDS NO WARRANTIES OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED. THERE ARE NO EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, OR THAT THE USE OF THE MATERIAL WILL NOT INFRINGE ANY PATENT, COPYRIGHT, TRADEMARK, OR OTHER PROPRIETARY RIGHTS.

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Fotos científicas de libre uso son utilizadas en la tapa de diferentes discos.

Imágenes de microscopia de hojas de maíz de nuestro grupo fueron utilizadas este mes en la tapa del disco “Humeurs du monde” de la banda Bal O’Gadjo (Francia).

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Todas nuestras imágenes son de libre acceso (CC BY). Esto permite su libre uso, desde eventos científicos hasta tapa de discos.

La fotografía de Marchantia polymorpha fue utilizada por la tapa del disco “Molecular affinity” de Thollem McDonas, Nels Cline y la gran Pauline Oliveros, una de las compositoras mas influyentes en la música electrónica y experimental, en particular con el “deep listening”.

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Una serie de fotografías de microscopia confocal de plantas fueron utilizadas para el disco Bacterium (Adeptsound, Australia) :

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Fotografías de microscopia confocal de bacterias fueron utilizadas para el disco “trancemission” del album de R. Astaburoaga.

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Taller de uLOOP + OpenEnzymes junto al Open BioEconomy Lab en Etiopia.

This gallery contains 13 photos.

Fuimos invitados por el Open Bioeconomy Lab a realizar un taller de fabricación de vectores en el Ethiopian Biotechnology Institute (EBTI). En este taller, Jenny Molloy compartió y capacitó a lxs participantes en métodos de bajo costo para expresión y … Continue reading

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Desarrollo de micro-scanner para inspección de biomateriales en Infinita -Museo del Hongo – Bienal de Artes Mediales

Microscanner de hardware abierto para inspeccion de biomateriales en collab con @srdz_ y @biofab.uc para Infinita, Bienal de Artes Mediales, junto a museo del hongo (Documentación en desarrollo ). Óptica modificada de proyecto #comunicacionesespeculativas con @interspecifics.

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Taller de microscopia en el Fablab de Bariloche

En este taller exploramos el uso de hardware abierto para la fabricación de microscopios de bajo costo desarrollados por la comunidad de Hardware Científico Abierto Global (GOSH) y adaptaciones generadas por Fernando Castro, Fernán Federici & Carlos Bertoli para la industria cervecera (e.g. https://gitlab.com/nanocastro/microbrew).

El objetivo principal de esta actividad es formar grupos de trabajo cooperativo a largo plazo para explorar entre tod@s la adaptación, fabricación y uso de estos microscopios de bajo costo en la industria cervecera. El taller incluye trabajo práctico en grupo y capacitación en tecnologías de diseño de HCA.

Si te interesa sumarte a este grupo de trabajo puedes empezar por acá:

 

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Loop assembly is now part of the iGEM competition :)

Our Loop assembly method has been made part of the registry and assembly methods for the iGEM competition. More info at:

https://2019.igem.org/Competition/New/Type_IIS

https://theplosblog.plos.org/2019/04/type-ii-enzymes-and-no-part-shipment-in-igem-2019/

http://parts.igem.org/Help:Standards/Assembly/Type_IIS

Good timing for our new universal Loop system providing one kit based on the iGEM vector pSB4K5 (more info here: https://osf.io/kw4fh/).

Also check, some iGEM teams already adapting it to other systems:

https://2019.igem.org/Team:Evry_Paris-Saclay/Design

 

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Crowdfunding para nuestra primera residencia de Open Hardware!

https://benfeitoria.com/residenciateclivre

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FluoPi, Cell-Free and Open Hardware at ICTP “Hands-on Complex Systems” workshop.

We were invited to share our work on open hardware for fluorescence imaging and cell free reactions. Along with our friend Jenny Molloy (Open BioEconomy Lab), we run ten workshops on in vitro biology for biological dynamical systems for 58 student and early career scientists from over 21 different countries.  Thanks to Mark and Pietro for the invitation and great experience.

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1er Taller de Microscopia de bajo costo para monitoreo de levaduras en cerveza artesanal

En este taller exploramos el uso de hardware abierto para la fabricación de microscopios de bajo costo desarrollados por la comunidad de Hardware Científico Abierto Global (GOSH) y adaptaciones generadas por Fernando Castro & Fernán Federici para la industria cervecera (e.g. https://gitlab.com/nanocastro/microbrew).

El objetivo principal de esta actividad es formar grupos de trabajo cooperativo a largo plazo para explorar entre tod@s la adaptación, fabricación y uso de estos microscopios de bajo costo en la industria cervecera. El taller incluye trabajo práctico en grupo y capacitación en tecnologías de diseño de HCA.

Si te interesa sumarte a este grupo de trabajo puedes empezar por acá:

 

 

Extendemos la invitación a futuros talleres a personas que estén involucradas o deseen involucrarse en el uso y/o desarrollo de hardware científico abierto y microscopios. Los talleres son abiertos pero preferiblemente dirigido a personas relacionadas a procesos productivos en el sector cervecero y/o estudiantes que deseen integrarse a grupos de trabajo a largo plazo en colaboración con cerveceras/os. El proceso de selección prestará especial atención a resguardar la equidad y diversidad de género entre las personas participantes. No es necesario tener conocimientos previos en hardware, electrónica o microscopia. Actividades sin costo.

Esta actividad es parte de una serie de tallres organizados por el Instituto Milenio de Biología Integrativa (iBio), en colaboración con Gudrun Kausel (UACh) y Fernando Castro (UTN/UNC, Mendoza). Este taller se enmarca dentro de dos actividades previas de iBio: 1) talleres de hardware científico abierto organizado por Fernan Federici (iBio, PUC), Nano Castro (UTN/UNC, Mendoza) y Gudrun Kausel (UACh); y 2) la ‘Escuela de cerveza: La Ciencia de la cerveza artesanal’ organizada por Francisco Cubillos (iBio, USACh), Roberto Néspolo (iBio, UACh) y Diego Libkind (IPATEC, Argentina)

Patrocinan:
iBio – Instituto Milenio (ICM)
Universidad Austral Valdivia

Coordinan:
Fernan Federici (iBio, PUC),
Gudrun Kausel (UACh)
Pablo Villarreal (iBio, USACh)
Fernando Castro (UTN, Mendoza)

Auspician:
GOSH: Global Open Science Hardware, http://openhardware.science

El Hardware Científico Abierto (HCA) busca facilitar el acceso a la documentación de diseño y especificaciones de funcionamiento del instrumental con el fin de garantizar su uso, estudio, modificación, distribución y comercialización por cualquier persona. El instrumental de hardware abierto no solo permite una reducción en costos sino que también acelera su desarrollo a través de dinámicas abiertas de cooperación remota y mejoramiento de diseños.

 

 

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Fiesta de Fermentación y Dibujos –> Microscopia de Hardware Abierto + taller de fermentados + dibujo + DJ + animaciones… @Meteoro & Metabolica

Evento organizado por el Laboratorio social Metabolica que promueve prácticas artísticas expandidas. Miercoles 12 de Junio en Espacio Meteoro

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