Fractales en Bacillus en la portaba de Microbial Cell

Microbial Cell February 2021

The image was obtained by confocal microscopy (using a Leica SP5). It consists of Bacillus subtilis transformed (separately) with fluorescent proteins TagRFP-T, sfGFP, TagBFP, mKate2 and mOrange2, mixed and plated on solid media for 24h. Images were obtained directly from petri dishes by positioning a cover slip over the growing cells (image by Fernan Federici, Pontificia Universidad Catolica de Chile (Chile) and iBio Institute; Tim Rudge, PJ Steiner and Jim Haseloff, University of Cambridge (UK); image retrieved via wellcomecollection.org); image modified by MIC. The cover is published under the Creative Commons Attribution (CC BY) license.

Microbial Cell (Vol. 8, No. 2)

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Recursos Educativos Abiertos para trabajos prácticos de biología molecular en casa, CAJALAB

Todos los recursos, links, repos, y protocolos estan descritos en https://osf.io/ezwhm/ (DOI 10.17605/OSF.IO/EZWHM)

Este sitio contiene todos los materiales necesarios para replicar practicos remotos (en casa) de 1) cinetica enzimatica, 2) amplificación de RNA via RT-PCR y 3) deteccción de GMO en alimentos via LAMP. Tambien se entrega información respecto a la cajalab utilizada para envio y realización de actividades en casa de estudiantes asi como los protocolos de sanitización (en pandemia).

Todos los archivos de diseños para el hardware, codigo python/jupyter notebooks, ADNs y protocolos de producción de enzimas y controles positivos son de libre acceso.

Protocolos de producciòn de enzimas para LAMP y RT-PCR:

BstLF Protocolo de producción y purificacióngenbank seq y el hilo de discusion en foro ReClone

MMLV RT Protocolo de producción y purificacióngenbank seq y el hilo de discusion en foro ReClone

Pfu-sso7D Protocolo de producción y purificacióngenbank seq y el hilo de discusion en foro ReClone

Todos los ADNs para la producción de estas enzimas son de libre acceso bajo openMTA

Codigos:

Codigo Openscad y STLs desarrollado en el curso para imprimir dispositivo de detecciòn de fluorescencia (repo Github)

Jupyter notebooks/Goolge colab para analizar fotos de GMOdetective (repo github)

Codigo para fabricacion de PCB (Autoria de G. Aidelberg, repo github)

Jupyter notebooks con codigo python para correr practicos de cinetica enzimatica en Google collab (repo github)

Dispositivos de hardware abierto:

pocket3tubos

Mini gel tank, no es de hardware abierto (el fabricante no libera archivos), pero no teniamos otra opcion por el poco tiempo. Estamos trabajando en version de libre acceso.

mini


GMOdetective (version original de acrilico, gracias Guy!)

GMOacr
GMOacr2
gmo

Version 3D: Alternativa de impresion 3D si no tienes acceso a cortadora laser pero si a una impresora 3D

3D0
3D

Cajalab

La caja fue elaborada por Sebastian Aguilera en colaboracion con el Lab de biofabricacion UC (Biofab), priorizando materiales de bajo costo y de buena sanitización (En el futuro, nos gustaría trabajar con cajas mas amigable socn el medio ambiente)https://www.youtube.com/embed/b5z3K8YAUCA

mini
caja2
cajaestud

casa2

Equipo de trabajo:

  • Isaac Nuñez
  • Valentina Zapata
  • Marta Blanco
  • M. Jose Avendaño
  • Sebastian Velozo
  • Tamara Matute
  • Alejandro Aravena
  • Fernan Federici

Colaboradorxs del proyecto:

  • Cesar Ramirez
  • Guy Aidelberg
  • Sebastian Rodriguez
  • Francisco Chateau
  • Sebastian Aguilera
  • Alex Brown
  • OpenBioeconomy Lab
  • GaudiLabs (Urs)
  • Paulina Merino
  • Valerie Decap
  • Ariel Cerda
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Distribución del primer kit de la colección de libre acceso ReClone.

Se anuncio la distribución del primer kit de la colección de libre acceso ReClone. Mas info acá.

“Having access to this palette of molecular tools is crucial for our region to fight any reagent supply shortages in the short-term, and to leverage technological autonomy in diagnostics and viral monitoring in the long term,” said Tamara Matute from the Pontificia Universidad Católica de Chile and iBio, who participated in the design of the collection. Matute’s colleague Isaac Núñez added that mechanisms like the open online community, Reclone Network, are also needed to enhance the usefulness of the collection through peer support including fostering “a collaborative community, crowd-sourced protocols and openly-shared resources.”

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Participamos del panel “Design with the living” en el Design Museum de Londres.

https://designmuseum.org/whats-on/talks-courses-and-workshops/design-with-the-living-2020

Jen Keane, F. Federici, Jenny Molloy, Marcos Cruz, Phil Ayres, Yessica Méndez, Jane Scott, Natalie Alima, Mitchel Joachim, Claudia Pasquero, Paolo Bombelli, Sheila Cooke, Lucy Montgomery, Naomi Nakayama, Flora Girard, Irene Agrivina Widyanigrum, Nada Tarkhan, y Emeka Okafor

Can designing with living systems be the change we need in the context of today’s current environmental and ecological challenges?

In recent years, bio-design has emerged as an innovative new discipline that uses biological processes to create sustainable approaches to design, building and fabrication. From collaborating with living organisms such as mycelium to using artificial intelligence to guide the growth of plants, these designers and architects are exploring new ways to shape our material world in ways that are respectful of our planetary boundaries.

In this annual symposium, we are interested in exploring how this area of design is developing across global regions, and in critically discussing how it needs to evolve to address today’s environmental and ecological challenges.

Design with the Living aims to provide a space for critique and to drive an annual review of the agency of ‘design with the living’ in a global perspective. It is co-organised by the Design Museum, the Design & Living Systems Lab (Central Saint Martins UAL), The Bio ID Lab (Bartlett School of Architecture, UCL) and the British Council.

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Nuestro trabajo en Open Source Hardware (y el de mucha gente amiga) destacado en Nature :)

Toda la nota acá

Credit: Stuart Robinson/Univ. Sussex

Algunos quotes de varixs amigues en el articulo:

“The idea that scientists build their own equipment is as old as science,” Tom Baden

“Open science and DIY biology can fix the technological gap we are facing in Africa.” Thomas Mboa

“We basically don’t buy stuff any more,” Dice Joshua Pearce.

“Hardware is the last barrier that we need to break before science really becomes more widely available,” Andre Chagas

“by building the OpenFlexure microscope in Tanzania, we make sure that when it breaks, there’s someone local who’s able to fix it” Richard Bowman

“We estimate that you can save at least 80–90% of the cost of an enzyme by producing your own,” Jenny Molloy

“It’s only when you go out in the field that you realize all these small things that can completely kill your fancy technology,” Navjot Kaur

“Many times, there’s this perception that science needs to be very fancy,” Lucia Prieto

“The fact that if you can dream of anything, you go to your garage and then start printing it out, it’s so empowering,” Jephias Gwamuri,

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Participamos de la Consulta Regional sobre Ciencia Abierta de UNESCO

En esta reunión participamos 70 panelistas en línea (con más de 2000 visualizaciones en menos de 24 horas en las transmisiones en streaming).

Esta reunión en línea forma parte de una serie de consultas regionales destinadas a crear un consenso mundial sobre la ciencia abierta. Proporcionará una plataforma de intercambio de aportes entre científicos, fondos de financiamiento de la ciencia, encargados de formular políticas, innovadores, editores, organizaciones civiles y otras partes interesadas en la recomendación de la UNESCO sobre la ciencia abierta.

Nuestra red reGOSH participó con una intervención de 3 min de Julieta Arancio y Fernán, la cual apuntó a la importancia de considerar las tecnologías abiertas (y aquellas en el dominio público) como parte fundamental de la concepción de ciencia abierta. El mensaje apuntó a considerar el libre acceso a la infraestructura de investigación y herramientas generadoras de conocimiento, y no solo a datos abiertos y publicaciones de libre acceso.

“Uno de los cuellos de botella para hacer ciencia es contar con herramientas (materiales o código) para generar datos. Esas herramientas hoy son patentadas, caras, difíciles de personalizar, de mantener y reparar, y en general son importadas desde el norte global. Ahora, ¿Qué sucedería si pudiéramos descargar y compartir libremente los diseños de las herramientas para hacer ciencia? Algunos beneficios están documentados: tendríamos mejores herramientas, reparables localmente y adaptables a contextos específicos, en general más económicas que la alternativa propietaria. Pero también se abriría una puerta para influir en la agenda de investigación” J. Arancio

“…dar acceso a la infraestructura y herramientas para generar conocimiento, y no solo a datos y publicaciones que emergen de usar estas herramientas. No solo para generar conocimiento desde distintas perspectivas sino también para generar ecosistemas de desarrollo basados en el libre acceso a las tecnologías. Esto con el fin de fomentar el desarrollo local y la soberanía tecnológica. Por ejemplo, los problemas de abastecimiento de insumos de testeo durante la pandemia COVID-19 evidenciaron la falta de capacidad tecnológica en varios países del mundo para responder de manera eficiente y autónoma a la gran demanda de diagnóstico.” F.F.

Evento organizado por

Oficina Regional de Ciencias de la UNESCO para América Latina y el Caribe, Programa Regional de Políticas de Ciencia, Tecnología e Innovación
Foro Abierto de Ciencias para América Latina y el Caribe

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#COVID19 – ReClone: red internacional para la producción local de insumos de diagnóstico COVID19

ReClone: red internacional para la producción local de insumos de diagnóstico COVID19, como programa de emergencia en caso de falta de suministros.

La pandemia del virus SARS-CoV-2 ha revelado deficiencias a nivel mundial para responder de manera efectiva y descentralizada a la demanda de testeo masivo. La falta de suministros de diagnostico a nivel mundial no solo afecta nuestra respuesta a COVID-19 sino que también evidencia problemas de soberanía y autonomía tecnológica en la respuesta a enfermedades infecciosas de gran escala.

Las enzimas claves en las reacciones de diagnostico tales como RT-PCR y RT-LAMP, se producen a partir de ADN (generalmente en bacterias, levaduras o in vitro) y se comercializan en forma de proteínas listas para su uso. Obtener el ADN que permite producir estas enzimas es difícil debido a restricciones históricas de propiedad intelectual que han limitado la accesibilidad y transferencia de estos materiales entre investigadorxs.  Sin embargo, hay dos sucesos que están marcando una transición en el acceso a estos materiales:

i) las patentes de muchas de estas enzimas están culminando su periodo de protección, quedando en el dominio público como off-patent, Esto permite el libre estudio, producción, modificación, redistribución y uso comercial no-exclusivo de estos ADNs (y sus enzimas). A pesar de estas libertades, el ADN de estas enzimas es aún difícil de obtener y redistribuir debido a restricciones impuestas por los tratados de transferencia de materiales que usan las universidades (e.g. UBMTA), y esto nos lleva al punto ii.

ii) las tecnologías de síntesis de ADN permiten crear nuevos fragmentos genéticos a partir de secuencias de interés tales como el gen de una enzima cuya secuencia es conocida pero el material es inaccesible. Este material no responde a ninguna restricción impuesta por un MTA dado que fue creado de cero, ofreciendo la oportunidad de ser  redistribuido bajo un acuerdo de transferencia de material abierto (openMTA). Esto permite que cualquier persona o institución pueda tener acceso a este ADN, sin restricciones (más que aquellas asociadas a obligaciones de uso correcto en términos de bioseguridad y ética). **

Tomando en cuenta estos puntos, junto a colaboradorxs de Open Bioeconomy Lab, FreeGenes, Open Science Network Society y Ginkgo Bioworks hemos diseñado material genético (ADN) a partir del cual se pueden producir enzimas off-patent para los diagnósticos de COVID (PCR, RT-PCR, LAMP, y otros). Se ha creado una red de colaboración internacional y abierta llamada ReClone que busca distribuir este ADN a instituciones que deseen implementar la producción local de estas enzimas de diagnóstico y ayuden a mejorar protocolos de producción de manera colaborativa y remota. Esta red distribuida de producción también intenta recoger información respecto a las regulaciones de certificación que aplican a cada país. Aclaración: no estamos desarrollando nuevos kits, solo permitiendo el acceso a los ADNs a partir del cual se puedan producir enzimas utilizadas para la implementación de tests ya existentes.

Esta colección de ADN incluye vectores listos para expresión y purificación, como también una batería de componentes (e.g. tags, CDS, prom, etc) para armar diferentes combinaciones en respuesta a necesidades locales. El siguiente paso para quienes nos encontramos en Chile es la creación de un Foundry o repositorio nacional de libre acceso. Este repositorio será hosteado en nuestro Instituto Milenio iBio para poder recibir y redistribuir estos reactivos bajo openMTA, de manera no exclusiva. Para solicitar estos reactivos o sumarse a la red, por favor ingresar al foro (link abajo)

Paralelamente, esta iniciativa plantea la necesidad de incluir – como alternativa no excluyente ni obligatoria – el uso de mecanismos legales para fortalecer el dominio público y facilitar la transferencia de materiales (e.g. openMTA). Nuestro Instituto ha sido unas de las primeras instituciones en firmar el acuerdo openMTA, y un actor activo en la promoción de las tecnologías libres (Free/Libre & Open Source).

Links de interés:

>>Lista de reactivos<<

>>Pagina web ReClone<<

>>Foro online sobre reactivos y grupos en Latinoamerica<<

>>OpenMTA (acuerdo legal de transferencia abierta de materiales<<

>>Repositorio de protocolos (en construcción @15Mayo2020)<<

La lista incluye:

RT-PCR

  • HIV reverse transcriptase
  • OpenVent (DeepVent) DNA polymerase
  • OpenScript (SuperScriptII) reverse transcriptase

RT-LAMP

  • Bst-LF

RPA

  • gp32 (ssDNA binding protein)
  • Bsu (strand displacing polymerase)
  • UvsY (T4 cofactor)
  • UvsX (RCA-like recombination protein)

RNA-related

  • Murine RNA inhibitor
  • RNaseH from Tth
  • RNaseH from Escherichia coli

Protein Expression

  • T7 RNA polymerase
  • TEV protease

Other useful enzymes

  • PBCV-1 ligase
  • Horse radish peroxidase

(**) no soy abogado, solo doy una opinion personal. No usar este texto como consejo legal ni en una corte 🙂


                  —————————————————————————————

ReClone is an international network from across the world seeking to support each other in accessing reagents for research and diagnostics, through sharing and partnership. Our current focus is addressing the needs of scientists researching and diagnosing COVID-19.

A list of ready-to-use vectors and a list of individual components (TBC) will be shared openly (>>list of reagents<<)

Please follow the following links for general information about ReClone (https://reclone.org/), forum (https://forum.reclone.org/) and CC BY open access protocols (Protocols.io).

The toolkit is a combined effort of the Open Bioeconomy Lab at University of Cambridge (Jenny Molloy, Chiara Gandini), the Free Genes Project (Drew Endy, Keoni Gandall, Isaac Larkin), Open Science Network Society (Scott Pownall) and our lab. We are also grateful for the support of Ginkgo Bioworks.

Summary

The Research in Diagnostics Toolkit is a set of ready-to express vectors and (optionally) DNA parts for the most common molecular diagnostic techniques.

Expression plasmids that are IPTG/Lactose inducible with a 6xHis-Tag for:

RT-PCR

  • HIV reverse transcriptase
  • OpenVent (DeepVent) DNA polymerase
  • OpenScript (SuperScriptII) reverse transcriptase

RT-LAMP

  • Bst-LF

RPA

  • gp32 (ssDNA binding protein)
  • Bsu (strand displacing polymerase)
  • UvsY (T4 cofactor)
  • UvsX (RCA-like recombination protein)

RNA-related

  • Murine RNA inhibitor
  • RNaseH from Tth
  • RNaseH from Escherichia coli

Protein Expression

  • T7 RNA polymerase
  • TEV protease

Other useful enzymes

  • PBCV-1 ligase
  • Horse radish peroxidase

See the full kit here with information on other DNA parts >>

Expression/Production Information (if applicable)

We do not have fully validated expression protocols but there are a lot out there in the literature which you can see summarised on the Enzyme Expression Guides page at Open Bioeconomy Lab.

Protocol Information

The reagents can be used in most protocols for PCR, RT-(q)PCR, RT-LAMP, RPA, RCA and a variety of other molecular research techniques.

How to get the plasmid/material/reagent

Note that the collection is not yet synthesised but you can sign up for delivery here
If you have any queries, contact mail+reagents at mail.reclone.org

Terms

All materials will be distributed under an OpenMTA meaning they can be used for commercial purposes and be redistributed. In advance of receiving the materials, you should ask your institution to sign the OpenMTA Master Agreement.

References

See the full kit here with references for origin of the DNA parts >>

Disclaimer

Reagents you have produced using this kit are intended for research use only. In order to use them for clinical diagnostics you must follow all local regulatory processes.

The following terms of the OpenMTA also apply:

No Implied License: Except for the rights expressly granted herein, the Recipient agrees that no other rights or licenses, whether express or implied, are granted to the Recipient under any patent, patent application, or other proprietary right of the Provider. As between the parties, each retains all right, title, and interest in works and inventions made by its personnel, and nothing herein shall be construed to transfer ownership of any invention, patent, patent application, or other proprietary right.

Liability: Except to the extent prohibited by law, the Recipient assumes all liability for damages that may arise from the use, storage or disposal of the Material. The Provider will not be liable to the Recipient for any loss, claim or demand made by the Recipient, or made against the Recipient by any other party, due to or arising from the use of the Material by the Recipient, except to the extent permitted by law when caused by the gross negligence or willful misconduct of the Provider.

No Warranties: Any Material delivered pursuant to the Agreement is understood to be experimental in nature and may have hazardous properties. THE PROVIDER MAKES NO REPRESENTATIONS AND EXTENDS NO WARRANTIES OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED. THERE ARE NO EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, OR THAT THE USE OF THE MATERIAL WILL NOT INFRINGE ANY PATENT, COPYRIGHT, TRADEMARK, OR OTHER PROPRIETARY RIGHTS.

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Fotos científicas de libre uso son utilizadas en la tapa de diferentes discos.

Imágenes de microscopia de hojas de maíz de nuestro grupo fueron utilizadas este mes en la tapa del disco “Humeurs du monde” de la banda Bal O’Gadjo (Francia).

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Todas nuestras imágenes son de libre acceso (CC BY). Esto permite su libre uso, desde eventos científicos hasta tapa de discos.

La fotografía de Marchantia polymorpha fue utilizada por la tapa del disco “Molecular affinity” de Thollem McDonas, Nels Cline y la gran Pauline Oliveros, una de las compositoras mas influyentes en la música electrónica y experimental, en particular con el “deep listening”.

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Una serie de fotografías de microscopia confocal de plantas fueron utilizadas para el disco Bacterium (Adeptsound, Australia) :

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Fotografías de microscopia confocal de bacterias fueron utilizadas para el disco “trancemission” del album de R. Astaburoaga.

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Taller de uLOOP + OpenEnzymes junto al Open BioEconomy Lab en Etiopia.

This gallery contains 13 photos.

Fuimos invitados por el Open Bioeconomy Lab a realizar un taller de fabricación de vectores en el Ethiopian Biotechnology Institute (EBTI). En este taller, Jenny Molloy compartió y capacitó a lxs participantes en métodos de bajo costo para expresión y … Continue reading

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Desarrollo de micro-scanner para inspección de biomateriales en Infinita -Museo del Hongo – Bienal de Artes Mediales

Microscanner de hardware abierto para inspeccion de biomateriales en collab con @srdz_ y @biofab.uc para Infinita, Bienal de Artes Mediales, junto a museo del hongo (Documentación en desarrollo ). Óptica modificada de proyecto #comunicacionesespeculativas con @interspecifics.

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