Nuestro Grupo

Trabajamos en PUC (Chile) e iBio Millennium Institute, donde promovemos el desarrollo y adopción de tecnologías abiertas para la investigación y educación en biología. Somos parte de diversas comunidades trabajando en tecnología open source, tales como GOSH/reGOSH, ReClone, OpenPlant, JOGL-OpenCovid Initiative y TECNOx. También trabajamos en el Comité IBSP de la UNESCO y el directorio de PLoS, desde donde se promueven políticas y programas de Ciencia Abierta.

Our group

We work at PUC (Chile) and iBio Millennium Institute.  We promote open technologies for research and education in biology. We are part of the GOSH, reGOSH, ReClone, OpenPlant, JOGL-OpenCovid Initiative and TECNOx open technology communities. We are also part of the UNESCO IBSP board and PLoS board of directors, working on policies and strategies for the adoption of Open Science worldwide.

Lineas de Investigación
Nuestro laboratorio se centra en dos áreas principales: i) Comprensión e ingeniería de la organización espacial bacteriana (p. ej., Fractals, Tractable deformation, y spatial biology of synthetic Ising networks) y ii) Tecnología de código abierto para investigación, diagnóstico y educación (p. ej., Microscopía de fluorescencia open source, herramientas LOOP/universal LOOP para fabricación de ADN). Utilizamos estos recursos en talleres y residencias tecnológicas (por ejemplo, Bakubung report, open tech workshops,  UK-Africa GCRF, Labfd-UST Mendoza; Comunicaciones Especulativas, reGOSH-CYTED and TReND in Africa), así como colaboraciones en diseño y arquitectura (por ejemplo, Synthetic Aesthetics, RedFungi).

Research interests:

Our lab focuses on two main areas: i) Understanding and engineering spatial bacterial organization (e.g. Fractals, Tractable deformation, spatial biology of synthetic Ising networks) and ii) Open source technology for research, diagnostics and education (e.g. Open Fluorescence microscopy , LOOP/universal LOOP DNA fab tools). We use these resources in workshops and tech residencies (e.g. Bakubung report, open tech workshops,  UK-Africa GCRF, Labfd-UST Mendoza; Comunicaciones Especulativas, reGOSH-CYTED and TReND in Africa) as well as collaborations on design and architecture (e.g. Synthetic Aesthetics, RedFungi).

Proyectos colaborativos vigentes/Current collaborative projects (you are invited to join!):

Recursos abiertos/Resources openly shared at:
Protocols.io (CC BY protocols)
SynBioUC, LabTecLibre Github & FF gitlab (Code repos)
Open Science Framework (Projects data, notes and live updates)
Images under CC (BY-NC-SA 4.0) lab and personal collection

Contacto/Contact details:
email: ffederici (at) bio (dot) puc (dot) cl

Universidad Catolica de Chile. Departamento Genética Molecular y Microbiología – Fac. Cs Biológicas.  Universidad Católica de Chile. Av Bernardo Ohiggins #340. Santiago. Chile
– OR –
Instituto de Ingeniería Biológica y Médica. 7mo piso Edificio Ciencia y Tecnología. Universidad Catolica de Chile. Campus San Joaquín. Avda. Vicuña Mackena 4860, Macul. Santiago, Chile

###################### Anuncio #COVID19 #######################

Junto a colaboradores del Open Bioeconomy Lab, Open Science Network, FreeGenes y Ginkgo Bioworks, hemos creado una red de colaboración internacional y abierta, llamada ReClone, para sintetizar y distribuir ADN para la producción local de enzimas claves en reacciones de diagnóstico (>>Lista de reactivos<<). Este repositorio es de libre acceso e incluye vectores listos para expresión y purificación, así como una batería de componentes (e.g. tags de purificacion, linkers, CDSes, insulators, promotores, etc) para armar diferentes combinaciones en respuesta a necesidades locales (e.g. fusiones o purificación por diferentes métodos). En este link más detalles de la iniciativa. 

En estos momentos estamos usando la colección en diferentes iniciativas de libre acceso:

  • RT-qPCR (collab con PSBL y PIB3 labs, más info acá) 
  • RT-LAMP (collab con PIB3 y OBL labs protocolo de purificación BstLF, protocolo de reacciones y Matute et al. 2021, preprint )
  • ViralAlert (collab coordinada por Ali Bektas, Mike Covington y Anitha Jayaprakash de Oakland Genomics. Bektas et al., 2021. Este proyecto fue finalista del Xprize y es parte de OpenCovid JOGL)
  • ANID-CONCYTEC Chile-Peru collab para el desarrollo de insumos y protocolos abiertos para detección de SARS-CoV-2. Repo abierto con actualizaciones y progreso. 

Por favor, ponte en contacto con nosotrxs si deseas ayudar, colaborar o quieres implementar la colección en tu lab! (La red posee nodos en otros paises de latinoamérica también)

Mas detalles en el press release desde OBL-Cambridge.

This slideshow requires JavaScript.

 

—————————    Free/Libre and Open Source Technology  ———————–

We understand FLOS technology as a main pillar of open science; providing access to the tools and infrastructure to generate knowledge in a more equitable, inclusive and participatory manner. By Free/Libre and Open Source, we mean working practices and licenses that guarantee open access to methods, blueprints, documentation and resources as well as freedom to use, modify, sell* and redistribute technology. We apply these principles to the development of FLOS biological technology and scientific instrumentation in Latin America.

GOSH Gathering for Open Science Hardware 

The Global Open Science Hardware (GOSH) movement seeks to reduce barriers between diverse creators and users of scientific tools to support the pursuit and growth of knowledge.

Gosh photo album, Manifesto , gathering report and roadmap

Other links (if you want to read more about free/libre open source technology…):

Please check some of our workshops on open source technologies in the news tab.

(*)= open source technology can be commercialized (e.g. Opentrons, Sparkfun, openQCM,  openBCI, and more)

 

Gracias Diego…te vamos a extrañar toda la vida.