Nuestro Grupo

Trabajamos en PUC (Chile) e iBio Millennium Institute, donde promovemos el desarrollo y adopción de tecnologías abiertas para la investigación y educación en biología. Somos parte de diversas comunidades de tecnología open source, tales como GOSH/reGOSH, ReClone, OpenPlant, JOGL-OpenCovid Initiative y TECNOx. También trabajamos en el Comité IBSP de la UNESCO y el directorio de PLoS, desde donde se promueven políticas y programas de Ciencia Abierta.

Our group

We work at PUC (Chile) and iBio Millennium Institute.  We promote open technologies for research and education in biology. We are part of the GOSH, reGOSH, ReClone, OpenPlant, JOGL-OpenCovid Initiative and TECNOx open technology communities. We are also part of the UNESCO IBSP board and PLoS board of directors, working on policies and strategies for the adoption of Open Science worldwide.

Lineas de Investigación
Nuestro laboratorio se centra en dos áreas principales: i) Biologia espacial de redes génicas: Comprensión e ingeniería de la organización espacial bacteriana, combinando biofisica y un enfoque sinstetico que capture las preguntas del estudio (p. ej., Fractals, Tractable deformation, y spatial biology of synthetic Ising networks) y ii) Detección y monitoreo ambiental de patogenos: trabajamos en el desarrollo de tecnologia de bajo costo para la detección y el monitoreo ambiental de patógenos de la agricultura y agentes infecciosos transmitidos por especies invasoras en la patagonia (colaboración con parque Karukinka). 

Ademas, aplicamos tecnología de código abierto para investigación, diagnóstico y educación (p. ej., Microscopía de fluorescencia open source, herramientas LOOP/universal LOOP para fabricación de ADN). Utilizamos estos recursos en talleres y residencias tecnológicas (por ejemplo, Bakubung report, open tech workshops,  UK-Africa GCRF, Labfd-UST Mendoza; Comunicaciones Especulativas, reGOSH-CYTED and TReND in Africa), así como colaboraciones en el area del diseño (por ejemplo, Synthetic Aesthetics, RedFungi) y el arte (link soon).

Research interests:
Our lab focuses on two main areas: i) Spatial biology of gene networks: we aim to understand spatial cell organization applying a synthetic biology approach and physics (e.g. Fractals, Tractable deformation, spatial biology of synthetic Ising networks) and ii) Detection and environmental monitoring of pathogens: we work on the development of low-cost technology for the detection and environmental monitoring of agricultural pathogens and infectious agents transmitted by invasive species in Patagonia.

In addition, we develop/remix open source technology for research, diagnostics and education (e.g. Open Fluorescence microscopy , LOOP/universal LOOP DNA fab tools). We use these resources in workshops and tech residencies (e.g. Bakubung report, open tech workshops,  UK-Africa GCRF, Labfd-UST Mendoza; Comunicaciones Especulativas, reGOSH-CYTED and TReND in Africa) as well as collaborations on design (e.g. Synthetic Aesthetics, RedFungi) and arts (link soon).

Proyectos colaborativos vigentes/Current collaborative projects (you are invited to join!):

    • NEW: FONDECYT 2024-2026 to study how global context and coupling strength among cells drive spatial organization of cell populations.
    • IDRC-Canada collaboration on distributed manufacturing of cell free biosensors (w/ collabs of Canada, India, Brazil, Colombia and US)
    • NanoLAMP with Fran Quero, Felipe Navarro and the whole lab really (crowdsourced project at Experiment)
    • Fondecyt Regular on Ising patterns in synthetic gene networks (2021-2024)
    • Exploración Fondecyt project to develop nanobody-based cell free sensors in collaboration with Ale Rojas and Willy Valenzuela, UACh.
    • ANID-CONCYTEC RT-LAMP & RPA open source methods for SARS-CoV-2 detection. Open repository here (please join)
    • ReClone: an international network from across the world seeking to support each other in accessing reagents for research and diagnostics, through sharing and partnership (soon web, forum, protocols)
    • CYTED Open Science Hardware development residencies (intensive three-week dev residency in Brasil_2019, Lima_2020, Mendoza_2021 & Chile_2022). More details at: https://regosh.libres.cc/ 
    • LightM with Alex Kutschera  – U. of Munich at https://github.com/vektorious/lightM
    • OpenVectors for uLOOP DNA assembly at https://osf.io/kw4fh/
    • Microscopes for yeast counting for beer brewers; with Nano Castro (GitLab) and wool fiber inspection (gitlab link soon).
    • Open hardware devices for isothermal reactions (openLAMP educational device led by Axel Sepulveda & portable_DNA_amplifier led by Boris Orostica)
    • FluoPi v2: low cost device for whole plate fluorescence imaging (github)
    • Microscopes (El Salero) for exhibition setups, field microscopy and education (gitlab)
    • Open resources for teaching enzyme kinetics, PCR and LAMP at home (repo for code, and manual, BOMs and images at this OSF – work in progress)
    • Biomaterials at https://redfungiblog.wordpress.com & Biofabrication lab. Open biofabrication protocols (fungi materials and devices of our collaborators at Biofab UC and LABVA)
    • RGBfluor, aparto open source para aprendizaje de fluorescencia (RGBfluor gitlab repo)
    • Comunicaciones Especulativas project with Interspecifics art collective at http://interspecifics.cc/comunicacionesespeculativas/

Recursos abiertos/Resources openly shared at:
Protocols.io (CC BY protocols)
SynBioUC, LabTecLibre Github & FF gitlab (Code repos)
Open Science Framework (Projects data, notes and live updates)
Images under CC (BY-NC-SA 4.0) lab and personal collection

Contacto/Contact details:
email: ffederici (at) bio (dot) puc (dot) cl

Universidad Catolica de Chile. Departamento Genética Molecular y Microbiología – Fac. Cs Biológicas.  Universidad Católica de Chile. Av Bernardo Ohiggins #340. Santiago. Chile
– OR –
Instituto de Ingeniería Biológica y Médica. 7mo piso Edificio Ciencia y Tecnología. Universidad Catolica de Chile. Campus San Joaquín. Avda. Vicuña Mackena 4860, Macul. Santiago, Chile

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Junto a colaboradores del Open Bioeconomy Lab, Open Science Network, FreeGenes y Ginkgo Bioworks, hemos creado una red de colaboración internacional y abierta, llamada ReClone, para sintetizar y distribuir ADN para la producción local de enzimas claves en reacciones de diagnóstico (>>Lista de reactivos<<). Este repositorio es de libre acceso e incluye vectores listos para expresión y purificación, así como una batería de componentes (e.g. tags de purificacion, linkers, CDSes, insulators, promotores, etc) para armar diferentes combinaciones en respuesta a necesidades locales (e.g. fusiones o purificación por diferentes métodos). En este link más detalles de la iniciativa. 

En estos momentos estamos usando la colección en diferentes iniciativas de libre acceso:

  • RT-qPCR (collab con PSBL y PIB3 labs, más info acá) 
  • RT-LAMP (collab con PIB3 y OBL labs protocolo de purificación BstLF, protocolo de reacciones y Matute et al. 2021, preprint )
  • ViralAlert (collab coordinada por Ali Bektas, Mike Covington y Anitha Jayaprakash de Oakland Genomics. Bektas et al., 2021. Este proyecto fue finalista del Xprize y es parte de OpenCovid JOGL)
  • ANID-CONCYTEC Chile-Peru collab para el desarrollo de insumos y protocolos abiertos para detección de SARS-CoV-2. Repo abierto con actualizaciones y progreso. 

Por favor, ponte en contacto con nosotrxs si deseas ayudar, colaborar o quieres implementar la colección en tu lab! (La red posee nodos en otros paises de latinoamérica también)

Mas detalles en el press release desde OBL-Cambridge.

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—————————    Free/Libre and Open Source Technology  ———————–

We understand FLOS technology as a main pillar of open science; providing access to the tools and infrastructure to generate knowledge in a more equitable, inclusive and participatory manner. By Free/Libre and Open Source, we mean working practices and licenses that guarantee open access to methods, blueprints, documentation and resources as well as freedom to use, modify, sell* and redistribute technology. We apply these principles to the development of FLOS biological technology and scientific instrumentation in Latin America.

GOSH Gathering for Open Science Hardware 

The Global Open Science Hardware (GOSH) movement seeks to reduce barriers between diverse creators and users of scientific tools to support the pursuit and growth of knowledge.

Gosh photo album, Manifesto , gathering report and roadmap

Other links (if you want to read more about free/libre open source technology…):

Please check some of our workshops on open source technologies in the news tab.

(*)= open source technology can be commercialized (e.g. Opentrons, Sparkfun, openQCM,  openBCI, and more)

Gracias Diego…te vamos a extrañar toda la vida.